Choć Jan Szyszko piastuje urząd Ministra Ochrony Środowiska, nie jest do końca jasne, jak rozumie słowo "ochrona". Mimo narzuconego naszemu rządowi przez Europejski Trybunał Sprawiedliwości zakazu wycinania drzew w Puszczy Białowieskiej, drwale oraz ciężki sprzęt nadal pracują w lesie. Choć sprawa budzi oburzenie ekologów i międzynarodowej opinii publicznej, to w przeprowadzonej ostatnio sondzie mieszkańcy Białowieży wsparli (!) wycinkę Puszczy Białowieskiej.
Wiele kontrowersji wzbudza również zagospodarowanie terenów wcześniej należących do Wojska Polskiego. W pobliżu miejscowości Hajnówka ma powstać osiedle dziewięciu nowoczesnych apartamentowców. Mimo kontrowersji deweloper zapewnia, że posiada wszystkie pozwolenia, a inwestycja będzie ekologiczna. Dodatkowo firma twierdzi, że inwestycja nie ma nic wspólnego z trwającą wycinką drzew w puszczy.
